Địa bàn xã Yên Hòa hiện nay trước đây vốn là hai xã Cẩm Yên và Cẩm Hòa thuộc huyện Cẩm Xuyên.

Trước khi sáp nhập, xã Cẩm Yên có diện tích 8,54 km², dân số là 3.915 người, mật độ dân số đạt 458 người/km². Xã Cẩm Hòa có diện tích 14,46 km², dân số là 4.314 người, mật độ dân số đạt 298 người/km², có 8 thôn: Nhân Hòa, Quý Hòa, Đại Hòa, Minh Hòa, Đông Hòa, Phú Hòa, Mỹ Hòa, Bắc Hòa.

Ngày 21 tháng 11 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 819/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Hà Tĩnh (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích của hai xã Cẩm Yên và Cẩm Hòa thành xã Yên Hòa.